Debian’da program kurmak için, genel olarak tüm Linux dağıtımlarında olduğu gibi birkaç yöntem vardır. İlk olarak kurulmak istenilen program dogrudan Synaptic Paket Yöneticisinden aratılıp, bulunur ve seçilip kurulabilir. Böylece, ilgili programın varsa bağımlılıkları da birlikte kurulacaktır. Bu, en pratik ve en sorunsuz kurma yöntemidir.
İkinci yöntem, programı bilgisayarimiza indirmekle başlar. Bunun için öncelikle uçbirimde su kodunu vererek root olup, apt-get install program_adı koduyla programı bilgisayarimiza indirmemiz gerekir. İndirdigimiz program kurulurken, Synaptic Paket Yöneticisi gibi depoları kullanacak ve ilgili paket bağımlılıklarını kuracaktır. Depolarda bulunmayan programları internet üzerinden indirip kurmak da mümkündür. Sözgelimi depolarda bulunmayan bir programı masaüstüne indirmiş, kurmak konumuna gelmişsek; öncelikle uçbirimde root olarak: dpkg -i /nerede_ise/program_adı kodu verilir. Bu yöntemin dezavantajı, programın çalışması için gerekli olan paket bağımlılıklarının otomatik olarak kurulamamasıdır.